Jmol -> PovRay

egoregor

Кто-нибудь в курсе, как рендерить молекулу вместе с молекулярными орбиталями в Jmol с помощью povray?
Что-то я не догоняю: создаю гауссианом cube-файлы,
пишу в консоли Jmol-а:
"isosurface posname 0.08 "/home/.../xx.cube-homo"; color $posname translucent;
isosurface negname -0.08 "/home/.../xx.cube-lumo"; color $negname translucent
и рисуются, значит мои орбитали. Но при запуске "render in povray", получаю только голую молекулу...
в pov-файле никаких упоминаний о isosurface или чего-то в этом духе нет. То-есть только геометрия.
Подскажите, пожалуйста, что я делаю не так .

egoregor

неужели никто не пользовался jmol? квантовые химики, ау

loki69

гыгы, лично я не пользуюсь PC GAMESS ( иногда GAMESS US) + chemcraft lite+wxmacmolplt(для визуализации EFP) и в этой связке все очень здорово и просто. Еще есть мнение, что гауссиан тормозное коммерческое говно и must die. =)

egoregor

Охотно верю насчет must die, особенно в свете "banned by gaussian"
да в принципе в гауссиане-то есть гауссвью и орбитали рисует, но ситуация усложняется тем, что я пользую g03 в линуксе без гаусвью. А надо как-то получить орбитали в хорошем качестве (molden поэтому не катит).
зы но кроме всего jmol-ом можно сделать интерактивные java-картинки, кстати он читает и GAMESS и еще кучу всего

loki69

Гыгы, вобщем chemcraft умеет с гауссиановскими работать файлами, но chemcraft вроде под винду. Я честно говоря не заморачиваюсь - считаю на линуксовых кластерах, а результаты обрабатываю у себя на ноуте под виндой. Так что если есть комп с виндой- то попробуй в кемкрафте обработать- там очень просто, удобно, функционально и красиво.

egoregor

Только запустил под wine, все выглядит отлично и орбитали нарисовал хорошего качества. не надо морочиться как с jmol-консолью . Буду практиковаться..
Спасибо, сохранили мне пару недель жизни
зы осталось кейген добыть, чтобы забыть об алертах

loki69

Если найдется кейген буду ему тоже очень рад=) Триал у меня кончился, пользуюсь сейчас версией Lite=(