программы математического моделирования
кто занимается математическим моделированием и численными расчетами, расскажите какое программное обеспечение используетеFortran.
Наверное, не совсем в тему, мы пишем сами. Вернее, не то, что бы пишем, - разработав алгоритмы, загнать их в фортран проще простого.
(Раньше описывал движение пучков протонов и расчёт ядерных реакций на ускорителе;
теперь военные тренажёры).
Визуализацию поля боя при необходимости делают наши коллаборанты на довольно редком и дорогом проприетарном софте.
теперь военные тренажёры).Охуеть.
Интересует в первую очередь молекулярные расчеты, ab inito моделирование.http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/
У меня в университете почти все поголовно используют Matlab, как для теоретического моделирования, так и для обработки данных эксперимента. Мне тоже приходится.
А вообще, есть свободные библиотеки к python: scipy, numpy для вычислений, а так же matplotlib и pyvtk для визуализации, функционалом матлабу не уступающие.
Вкладом российских программистов в них, я не интересовался. Ровно как и вкладом левшей, блондинов, геев, пенсионеров, любителей морских свинок, буддистов, социалистов или кого угодно. И вряд ли подобную статистику кому-либо приходило в голову собирать. Свободные проекты открыты для вклада от кого угодно.
А вообще, есть свободные библиотеки к python: scipy, numpy для вычислений, а так же matplotlib и pyvtk для визуализации, функционалом матлабу не уступающие.
Вкладом российских программистов в них, я не интересовался. Ровно как и вкладом левшей, блондинов, геев, пенсионеров, любителей морских свинок, буддистов, социалистов или кого угодно. И вряд ли подобную статистику кому-либо приходило в голову собирать. Свободные проекты открыты для вклада от кого угодно.
Из вопроса не совсем ясно, нужны ли численные расчеты как средство решения частных исследовательских проблем, или есть желание присоединиться к разработке какого-то кода.
Для своих stand-alone projects я использую:
1. Для прототипирования и аналитики: Octave/Matlab, Maple
2. Для численных расчетов (если важна производительность): C++ с самописной библиотекой fortran-like массивов + обертки к lapack + fftw + GSL + GMP/mpfr++/cln (для длинной арифметики). Код стараюсь писать в стиле, чтобы можно было легко прикрутить OpenMP для использования мультипроцессорности. Если дописывается чужой код, то язык проекта, (в основном это fortran 77).
3. Для визуализации данных — gnuplot, для диаграммок — Asymptote.
4. Обработка данных: скрипты на bash + (g)awk + sed + gnu coreutils (cat/tac, csplit, grep, sort, cut, paste). Вероятно, следует изучить что-нибудь вроде питона, но все не хватает времени.
Из того, к чему было бы хорошо приучиться — держать *все* проекты (программы, статьи) в системе контроля версий (VCS). Пока я VCS использую спорадически, для проектов с ожидаемой "длинной" историей.
Если же есть необходимость работать в команде, то, естественно, работаем в стиле этой команды.
Для своих stand-alone projects я использую:
1. Для прототипирования и аналитики: Octave/Matlab, Maple
2. Для численных расчетов (если важна производительность): C++ с самописной библиотекой fortran-like массивов + обертки к lapack + fftw + GSL + GMP/mpfr++/cln (для длинной арифметики). Код стараюсь писать в стиле, чтобы можно было легко прикрутить OpenMP для использования мультипроцессорности. Если дописывается чужой код, то язык проекта, (в основном это fortran 77).
3. Для визуализации данных — gnuplot, для диаграммок — Asymptote.
4. Обработка данных: скрипты на bash + (g)awk + sed + gnu coreutils (cat/tac, csplit, grep, sort, cut, paste). Вероятно, следует изучить что-нибудь вроде питона, но все не хватает времени.
Из того, к чему было бы хорошо приучиться — держать *все* проекты (программы, статьи) в системе контроля версий (VCS). Пока я VCS использую спорадически, для проектов с ожидаемой "длинной" историей.
Если же есть необходимость работать в команде, то, естественно, работаем в стиле этой команды.
я не заморачиваюсь и юзаю Simulink.
подходит для любого моделирования почти.
плюс, в каждой области должны быть свои доморощенные специфические среды, заточенные под узкий круг задач.
подходит для любого моделирования почти.
плюс, в каждой области должны быть свои доморощенные специфические среды, заточенные под узкий круг задач.
Спасибо за ваши ответы, попробую ответить всем сразу.
Кстати, в связи с этим сейчас изучаю скопом сайты различных кафедр и научных групп. Забавно, но найти информацию об исследованиях даже маститых ученых порой очень сложно, практически ни у кого нет толкового описания ни задач, ни методов; webofknowledge и анализ статьей — наш путь.
По поводу вклада в open source проекты: понятно что на то они и опен, но ведь почти всегда есть определяющий (начальный) вклад (например, fftw - MIT, GROMACS - University of Groningen). Вот меня как раз подобные случаи, только с российскими научными группами интересуют.
Напишу заодно чем приходится пользоваться самому.
Численные расчеты: С/С++, OpenMP, fftw, Eigen, Armodillo, Magma (for CUDA enabled calculations)
Аналитика и прикидки: Mathematica, Octave, все собираюсь разобраться с Sage
Обработка данных: Python+SciPy+Matplotlib, редко QtiPlot, MayVi2.
Пару раз использовал Comsol, но это в основном поиграться.
Из вопроса не совсем ясно, нужны ли численные расчеты как средство решения частных исследовательских проблем, или есть желание присоединиться к разработке какого-то кода.Поясню. Не то и не другое. Мне сейчас нужно собрать информацию о следующем: каким вычислительными методами владеют ведущие научные российские группы, занимающиеся моделированием (в широком смысле — всего, в узком — материалы и устройства микроэлектроники).
Кстати, в связи с этим сейчас изучаю скопом сайты различных кафедр и научных групп. Забавно, но найти информацию об исследованиях даже маститых ученых порой очень сложно, практически ни у кого нет толкового описания ни задач, ни методов; webofknowledge и анализ статьей — наш путь.
По поводу вклада в open source проекты: понятно что на то они и опен, но ведь почти всегда есть определяющий (начальный) вклад (например, fftw - MIT, GROMACS - University of Groningen). Вот меня как раз подобные случаи, только с российскими научными группами интересуют.
Напишу заодно чем приходится пользоваться самому.
Численные расчеты: С/С++, OpenMP, fftw, Eigen, Armodillo, Magma (for CUDA enabled calculations)
Аналитика и прикидки: Mathematica, Octave, все собираюсь разобраться с Sage
Обработка данных: Python+SciPy+Matplotlib, редко QtiPlot, MayVi2.
Пару раз использовал Comsol, но это в основном поиграться.
Спасибо, как раз подобные проекты интересны.
Вот, кстати, тот случай когда про основного майнтейнера ничего толком найти не получается:
http://lcc.chem.msu.ru/gran/
Вот, кстати, тот случай когда про основного майнтейнера ничего толком найти не получается:
http://lcc.chem.msu.ru/gran/
Спасибо, как раз подобные проекты интересны.если тебя набор методов в этой проге устраивает- пользуйся ею, самая быстрая и экономная по памяти, зачастую в десятки раз.
Вот, кстати, тот случай когда про основного майнтейнера ничего толком найти не получается:
http://lcc.chem.msu.ru/gran/
А.А. Грановский уже давно не работает в МГУ, так что и страница не должна быть актуальной.
Мне пока пользоваться не надо, я цель своего вопроса парой постов выше написал.
Так ведь все равно, никакой информации с CV найти не получается.
Кстати, вот еще нашлась некая PRIRODA, расчеты с помощью DFT. Может быть ты про нее какой-то дополнительной информацией владеешь?
Так ведь все равно, никакой информации с CV найти не получается.
Кстати, вот еще нашлась некая PRIRODA, расчеты с помощью DFT. Может быть ты про нее какой-то дополнительной информацией владеешь?
Мне пока пользоваться не надо, я цель своего вопроса парой постов выше написал.да, ее создатель (Лайков) работает сейчас в НИВЦе (если не ошибаюсь), еще он очень странный человек, про него рассказывают одну историю. Он руку никогда не жмет из каких-то принципиальных соображений, но как-то раз он не усмотрел и ему один человек пожал руку, тогда он выдал перл что-то типа "вот вы и лишили меня рукопожательной девственности". ну и как я понял, природу эту он уже забросил. Да и хуже она чем Firefly (PC GAMESS).
Так ведь все равно, никакой информации с CV найти не получается.
Кстати, вот еще нашлась некая PRIRODA, расчеты с помощью DFT. Может быть ты про нее какой-то дополнительной информацией владеешь?
FreeFem++ - для решения произвольных уравнений в частных производных методом конечных элементов
Кроме того, интересно что и чем делается в области моделирования процессов теплопереноса и переноса зарядов в полупроводниковах устройствах (структурах)Я моделировал генерацию и перенос зарядов в Sentaurus Device, в него же и средства визуализации входят. Но правда это не в российской научной группе. Вообще стандарт в полупроводниковой отрасли это симуляторы на основе SUPREM IV для моделирования техпроцесса и на основе DESSIS или PISCES для моделирования самих девайсов. Из коммерческого софта лидируют Silvaco и Synopsys Здесь есть внушительный список софта, в том числе и open source.
PC GAMESS - если хочется заморочиться, Gaussian - если заморачиваться не охота
В продолжение вопроса.
Кто-нибудь может назвать научные программные библиотеки с открытым кодом, разработанные в российских научных учреждениях (как например, FFTW - MIT, Armodillo - NICTA (Australia))?
Кто-нибудь может назвать научные программные библиотеки с открытым кодом, разработанные в российских научных учреждениях (как например, FFTW - MIT, Armodillo - NICTA (Australia))?
для некоторых видов расчетов Mathematica
для других - специализированый софт под конкретную задачу: FPLO и тп
для других - специализированый софт под конкретную задачу: FPLO и тп
матлаб.
оделирования процессов теплопереноса и переноса зарядов в полупроводниковах устройствах (структурах). Также интересует кто каким софтом пользуется для обработки и визуализации данных.Если это какие-то "самописные" программы или расширения к уже существующим программным пакетом, то было бы здорово, если бы вы написали о них. Да, если кто-то знает какие-либо open source проекты из указаной выше области, в которых основной (ну или хотя бы частичный) вклад сделан россискими программистами, напишите пожалуйста.Заранее спасибо!
а самописно я, как говнопрограммист, использую VBA.
Если ты хочешь моделировать реальный девайс, то в матлабе будет очень медленно (и дорого). А VBA это вообще жесть наверное. Тогда уж фортран с параллелизацией, если охота из первых принципов повычислять. Для визуализации матлаб в принципе годится.
Оставить комментарий
darin06
Народ, кто занимается математическим моделированием и численными расчетами, расскажите какое программное обеспечение используете. Интересует в первую очередь молекулярные расчеты, ab inito моделирование. Кроме того, интересно что и чем делается в области моделирования процессов теплопереноса и переноса зарядов в полупроводниковах устройствах (структурах). Также интересует кто каким софтом пользуется для обработки и визуализации данных.Если это какие-то "самописные" программы или расширения к уже существующим программным пакетом, то было бы здорово, если бы вы написали о них.
Да, если кто-то знает какие-либо open source проекты из указаной выше области, в которых основной (ну или хотя бы частичный) вклад сделан россискими программистами, напишите пожалуйста.
Заранее спасибо!